با اثبات اصالت وجود و اعتباریت ماهیت توسط ملاصدرا، وجود محور بحث‌ها قرار گرفت؛ اما رسوبات مباحث ماهوی همچنان در میان این مباحث به چشم می‌خورد. ملاصدرا بر مبنای اصالت وجود و نیز تحلیل رابطۀ علّی و معلولی، تقسیمی دو ضلعی از وجود ارائه کرد و بر اساس آن وجود را به رابط و مستقل تقسیم نمود. وجود معلول یا رابط، عین ربط و تعلق به علت خود به شمار می‌رود و در واقع یک حقیقت حرفی و ربطی است و هیچ گونه استقلالی از خود ندارد. این تحلیل، پیامدهایی در مباحث فلسفی خواهد داشت؛ از جمله اینکه وضعیت ماهیت به کلی دگرگون می‌شود؛ زیرا تمام وجودات ممکن که ماهیت از آن‌ها انتزاع می‌شود، مصداق وجود رابط خواهند بود و استقلالی نخواهند داشت. در این صورت دیگر نمی‌توانند در جواب چیستی اشیا بیایند؛ زیرا تا چیزی استقلال وجودی یا مفهومی نداشته باشد، شایستگی ندارد تا در جواب ماهو بیاید. این به معنای حذف ماهیات و اندراج آن‌ها در حوزۀ مفاهیم است. ماهیت به معنای «ما یقال فی جواب ما هو» مستلزم استقلال در مفهومیت است، در حالی که حقیقت ربطیِ ممکنات این استقلال را از آن‌ها سلب می‌کند. در نتیجه آنچه دربارۀ ماهیات گفته می‌شود، به مفاهیم استناد می‌یابد. ماهیت به معنای «ما به الشیء هو هو» نیز به کار می‌رود که بر مبنای اصالت وجود، تنها شامل وجود می‌شود و از حیطۀ ماهیت خارج است.
)