یکی از مباحث مهم و پیچیده در باب نفس‌شناسی مسئلة حدوث و بقای نفس است. مجرد بودنِ یک شیء با حدوث زمانی و مسبوق بودن آن با عدم سازش ندارد و نیز حدوث آن با بقا و جاودانگی آن سازگار نیست؛ زیرا حکما آنچه را که مسلّم دانسته‌اند این است که هر موجودی که فاقد حامل‌ِ امکان استعدادی وجود و عدم باشد (مجرد باشد) ازلی و ابدی است، نه حادث می‌گردد و نه فاسد و موجودی که دارای استعداد و حامل امکان استعدادی است در معرض کون و فساد بوده و ازلی و ابدی نخواهد بود. بنابراین مسئلة اساسی این است که چگونه ابن سینا نفس مجرد انسانی را حادث می‌داند و در عین حال انعدام آن را امکان‌پذیر نمی‌داند؟ این دو امر چگونه قابل جمعند؟ به نظر می‌رسد که هرچند ملاصدرا در این باره تلاش فراوان نموده است، مسئلة یادشده همچنان باقی است و با مبانی وی همان گونه که مسئلة مزبور قابل حل نیست بقای روحانی و مجردی نفس نیز با اشکال مواجه است.
)